Les missions de la conservation régionale de l'archéologie s'organisent autour de cinq thématiques principales.

La programmation, l'autorisation et le contrôle scientifique
La conservation régionale de l'archéologie mène la politique de détection et d'étude du patrimoine archéologique régional. Elle programme, autorise et exerce un contrôle scientifique sur les opérations archéologiques réalisées, préventives et programmées. Elle assure l'étude des découvertes archéologiques fortuites.
L'ensemble de la recherche est soumis à une double évaluation scientifique, celle de la conservation régionale de l'archéologie et celle de la commission interrégionale de la recherche archéologique (CIRA).

La réalisation de la carte archéologique nationale
La conservation régionale de l'archéologie met à jour la carte archéologique nationale qui rassemble toutes les données disponibles relatives au patrimoine archéologique : sites archéologiques connus, opérations réalisées, mesures de protection.
En constante évolution, la carte archéologique restitue un état de la connaissance sur un territoire donné. Elle est à la fois un instrument de recherche pour les archéologues et un outil de gestion du patrimoine archéologique.

La protection du patrimoine
La conservation régionale de l'archéologie assure le porter à connaissance des informations relatives au patrimoine archéologique.
Elle définit les zones de présomption de prescription archéologique ou ZPPA.
Elle engage une action pénale en cas de fouilles archéologiques clandestines, de destructions de vestiges ou d'utilisation de détecteurs de métaux sans autorisation.

La conservation du patrimoine
La conservation régionale de l'archéologie est destinataire et responsable de l'ensemble de la documentation issue des recherches archéologiques : mobilier archéologique, documentation scientifique et rapports d'opérations.
Elle contrôle le classement et le conditionnement de cette documentation. Elle veille à la conservation, la restauration et la consultation de cette documentation et assure l'application du régime de propriété propre aux vestiges archéologiques.

La diffusion et la valorisation
La conservation régionale d'archéologie accompagne la valorisation scientifique et culturelle du patrimoine archéologique. Elle organise chaque année les Journées archéologiques régionales et assure la publication du Bilan scientifique régional. Elle soutient les actions de diffusion de la recherche : publications, colloques, expositions.